활연개랑

저번에 우분투22.04에서 itksnap이 커맨드로 설치되지 않는 문제가 있었는데요, https://tmdhhey.tistory.com/123 < 이 글에서 보이는 것과 같이, 직접 다운받아 설치했습니다. 이렇게 하다보니 itksnap이 터미널에서 command입력을 통해서만 실행되고, 메뉴에서 어플리케이션으로는 보이지 않더라구요. 불편한 점이 많아서 어플리케이션으로 바꿀 수 있도록 만들었습니다. 일단 원래는 특정 프로그램 설치파일을 다운받게되면, 아이콘이 함께 다운되는데 itksnap3.6버전에는 icon이 존재하지 않아서 아이콘은 인터넷에서 png파일을 따로 다운받았습니다. 1 터미널에 아래와 같이 입력합니다. sudo nano /usr/share/applications/{실행파일이름}.desktop..

string_list = df['name'].values[0] pandas 라이브러리로 dataframe의 'name' 컬럼을 list로 변경할 수 있습니다. 하지만 이렇게 만들게되면, list가 string 형태로 묶입니다. 예를들어, 'name' 컬럼의 값이 'John', 'Deo', 'Smith' 라면, output은 "['John', 'Doe', 'Smith']" < 이렇게 string 형태의 output이 나오게 됩니다. 따라서 아래 코드를 통해 작은따옴표와 띄어쓰기를 제거하고, 쉼표를 기준으로 나누어 list형태로 만들어줄 수 있습니다. name_list = df['name'].values[0].strip('[]').replace("'", "").replace(' ', '').split(',')

ls -lR | grep -c '\.zip$' ls -IR은 현재 디렉토리와 모든 하위 디렉토리의 파일을 나열하는 역할을 합니다. grep -c '\.zip$' 으로 확장자가 'zip'으로 끝나는 파일의 개수를 출력합니다. ls -1 /path/to/directory | wc -l ls -1 명령어는 해당 디렉토리의 모든 파일을 한 줄씩 나열하는 역할을 합니다. wc -l 명령어는 입력으로 받은 라인의 개수를 세는 역할을 합니다.

dcmdump -M +P "0028,0010" -M +P "0028,0011" -M +P "0028,0030" /path/*.dcm 위 명령어는 /path 디렉토리 내의 모든 .dcm 확장자를 가진 파일에 대해 DICOM 헤더 정보를 출력합니다. 출력되는 정보 중에서 0028,0010은 행(row) 해상도, 0028,0011은 열(column) 해상도, 0028,0030은 복셀 간격(voxel spacing)을 나타냅니다. 행, 열 해상도의 값은 정수로 표현되며, 복셀 간격은 mm 단위로 표시됩니다. 위 명령어를 실행하면 DICOM 파일의 각 속성에 대한 값을 확인할 수 있습니다.

여러개 zip파일을 그냥 unzip해버리면 폴더에 모든 파일이 들어가게 됩니다. zip파일에 해당하는 폴더를 만들어서 unzip하는 방법입니다. 일단 bash shell을 만들어야 합니다. terminal에 아래와 같이 입력하여 sh 파일을 생성해줍니다. nano unzip.sh unzip.sh파일에 아래와 같이 입력해주고, exit해줍니다. source_dir은 zip파일이 위치하는 directory, target_dir은 unzip된 폴더들이 위치할 directory #!/bin/bash source_dir="/a" target_dir="/b" find "$source_dir" -type f -name "*.zip" | while read -r zipfile; do folder_name=$(basen..

ubuntu 22.04에 'sudo apt-get install itksnap'로 ITKSNAP이 다운로드 되지 않는 문제가 있더라구요. 다운받아서 command로 직접 인스톨해야만 설치가 가능한 것 같습니다... ITKSNAP 로고도 안뜨고, 터미널을 통해서만 들어가지네요. 아무튼 아래는 다운받은 itksnap을 command로 설치하는 방법입니다. 1) http://www.itksnap.org/pmwiki/pmwiki.php?n=Documentation.TutorialSectionInstallation 위 링크에서 itksnap 3.6버전을 다운받는다. (3.8은 잘 안되더라고요?) 2)cd Downloads/ tar -zxvf itksnap-3.6.0-20170401-Linux-x86_64.tar...

ubuntu를 새로 설치하고 matplotlib을 통해 plt.show()를 실행하는 과정에서 아래와 같은 오류가 발생했습니다. (또는 그냥 이미지가 plot되지 않음)UserWarning: Matplotlib is currently using agg, which is a non-GUI backend, so cannot show the figure. 일반적으로 이 오류는 matplotlib을 설치하고 gui창에 plot을 표시하려고 하는데 gui표시를 위한 python 모듈이 없을 때 나타난다고 합니다. 따라서 아래와 같이 GUI backend를 install 합니다. * 참고로 tkinter python 버전에 따라 다르기 때문에, 원하는 python 버전에 대해 설치해야합니다. sudo apt-get..

Train loss 'nan'이 나올 때 확인해 볼 것 * input image에 nan값이 들어가는지 체크* augmentation 이후 nan이 되는 데이터가 있는지 체크* normalize할 때, min과 max값이 둘 다 0이어서 분모가 0이 되는 경우가 있는지 체크 -> 분모에 작은 값(epsilon) 더하기* learning rate가 너무 커서 발산할 가능성이 있는지 체크* Gradient Explosion 또는 Underflow/Overflow 체크 --> Gradient Clipping을 적용하여 폭발적인 gradient를 방지